Η ανάγκη για παραγωγή τροφίμων πρέπει να βρίσκεται σε ισορροπία με την ανάγκη για την προστασία του περιβάλλοντος. Η προστασία των νερών αποτελεί υψηλή προτεραιότητα στην πολιτική της Ε.Ε. Προτού κάποιο φυτοπροστατευτικό προϊόν εισαχθεί στην αγορά, πρέπει να αποδειχθεί η ασφάλεια και αποτελεσματικότητά του ως προς τις απαιτήσεις Ευρωπαϊκών και εθνικών Αρχών. Οι εταιρείες, εκτός των άλλων, στοχεύουν στην παραγωγή προϊόντων που υπολείμματά τους δεν εμφανίζονται στο έδαφος ή στα επιφανειακά νερά όταν τα προϊόντα χρησιμοποιούνται σωστά από τους αγρότες.

Τα φυτοπροστατευτικά προϊόντα είναι ασφαλή για τα νερά όταν χρησιμοποιούνται σωστά. Έστω και μερικές σταγόνες σκευάσματος μπορεί να είναι η αιτία για την υπέρβαση των θεσπισμένων ανωτάτων ορίων υπολειμμάτων στο πόσιμο νερό. Σχεδόν το 50-70% της μόλυνσης των επιφανειακών νερών από τα φυτοπροστατευτικά προϊόντα προέρχεται από πηγές εισόδου και μπορεί να αποτραπεί. Ως πηγές εισόδου θεωρούνται κυρίως οι απώλειες κατά την παρασκευή του ψεκαστικού υγρού, τον καθαρισμό των μηχανημάτων και τη διαχείριση καταλοίπων φυτοπροστατευτικών προϊόντων, ενώ οι απώλειες αυτές μπορούν να αποφευχθούν με την κατάλληλη υποδομή και τα σωστά μέτρα. Ο σωστός υπολογισμός της ποσότητας του ψεκαστικού υγρού και του φυτοπροστατευτικού προϊόντος, έτσι ώστε να αποφευχθεί η περίσσεια του ψεκαστικού υγρού, είναι απαραίτητη. Όσον αφορά στον τεχνολογικό εξοπλισμό, πρέπει να είναι σωστά ρυθμισμένος και ελεγμένος για την ύπαρξη τυχόν διαρροών. Σημαντικό σημείο είναι η απαγόρευση σύνδεσης του ψεκαστικού υγρού με την παροχή του νερού, όπως επίσης και η αποφυγή υπερχείλισης του βυτίου. Κατά τη διαδικασία της παρασκευής του ψεκαστικού διαλύματος, εάν αυτή γίνει στο αγρόκτημα, τότε είναι αναγκαία η ύπαρξη προληπτικών μέτρων, όπως η διαθεσιμότητα πλαστικού δίσκου συλλογής πιτσιλιών και απορροφητικών υλικών για την απομάκρυνση διαρροών. Η προστασία των νερών μπορεί επίσης να επιτευχθεί όταν δεν ψεκάζονται απευθείας επιφάνειες νερού ή σε περιοχές που γειτνιάζουν με πηγές νερού. Μάλιστα, όταν ο κίνδυνος απορροής είναι μεγάλος ή όταν υπάρχει πλημμυρισμένο έδαφος πρέπει να αποφεύγεται ο ψεκασμός. Επιπλέον, κατά τη σχολαστική καθαριότητα όλου του εξοπλισμού, η ύπαρξη τρεχούμενου νερού είναι αναγκαία. Τέλος, τα ανεπιθύμητα αποθέματα δεν θα πρέπει σε καμία περίπτωση να ρίχνονται σε αυλάκια ή να θάβονται, ενώ τα υγρά κατάλοιπα δεν πρέπει να πετάγονται σε σημεία όπου μπορεί να καταλήξουν σε πηγές νερού.

Με τη βέλτιστη πρακτική των χρηστών, η μόλυνση των νερών μπορεί να μειωθεί κατά τη διάρκεια όλων των διαδικασιών μεταφοράς, αποθήκευσης, διαχείρισης πριν/ κατά τη διάρκεια και μετά τον ψεκασμό, όπως και κατά την διαχείριση καταλοίπων φυτοπροστατευτικών προϊόντων.

Ο Ε.ΣΥ.Φ., χρηματοδοτούμενος από το πρόγραμμα LIFE και από τον ECPA, συμμετέχει στο πρόγραμμα TOPPS (Train the Operators to Prevent Pollution from point Sources) που αφορά στην εκπαίδευση όσων χρησιμοποιούν φυτοπροστατευτικά προϊόντα έτσι ώστε να αποφευχθεί η μόλυνση των νερών. Στόχος του προγράμματος είναι ο προσδιορισμός των βέλτιστων πρακτικών διαχείρισης και η μετάδοση τους μέσα από συμβουλές και εκπαιδεύσεις οι οποίες θα συντονίζονται σε ευρύτερη Ευρωπαϊκή κλίμακα, έτσι ώστε να μειωθούν οι ποσότητες των φυτοπροστατευτικών προϊόντων που καταλήγουν στα νερά.